“Bütün cadıları doğmadan önce yok etmek istiyorum.” En güçlü Büyücü Kız, Madoka Kaname’nin dileği gerçek oldu. Geçmiş ve gelecek, evrendeki tüm cadıların ortadan kaybolduğu dünyada, bunun yerine insan duygularından beslenen hayaletler insanlara saldırmaya başlar. Mitakihara’nın huzurunu korumak için Büyücü Kızların savaşı yeniden perdelerini aralıyor!